Chùa Hoa Yên tọa lạc trên núi Yên Tử ở độ cao trên 500m so với mực nước biển. Từ chùa có thể nhìn ra cả 4 hướng - nơi tụ sông, tụ thủy của toàn bộ khu vực Đông Bắc. Đây cũng là nơi có địa thế rồng cuộn, hội tụ linh khí, được coi là một trong những ngôi chùa linh thiêng nhất của Yên Tử.
