Ngoài các ngôi chùa đã được phục dựng lại, các am tháp còn giữ nguyên dáng vẻ cổ kính từ thời khởi tạo thì tại Yên Tử còn phát hiện dấu tích của các công trình cổ cách đây mấy trăm năm. Trong đó, không thể không nhắc tới am Thung, am Ngự Dược (hay còn gọi là am Dược) – 2 công trình gắn liền với quá trình tu hành của Phật hoàng Trần Nhân Tông và sự phát triển của Thiền phái Trúc Lâm, đồng thời là minh chứng rõ ràng về giá trị của vùng dược liệu quý Yên Tử.
